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KAPA 超外显子组

发布时间: 2024-05-28  点击次数: 103次

 

高效、均匀的基于杂交的全外显子组测序捕获

新的 KAPA HyperExome 探针池结合了十多年的探针设计经验和改进的探针制造工艺,能够高效、均匀地基于杂交捕获全外显子组测序 (WES)。实现对基因组变异的灵敏、可靠的检测,包括外显子区域内的单核苷酸变异 (SNV)、插入/缺失、拷贝数变异 (CNV)、基因融合、倒位和其他重排。

·       通过好的捕获均匀性 降低检测变异所需的测序量,从而降低测序成本并节省时间

·       可靠地丰富具有挑战性的、以前无法接近的外显子区域

·        利用 387 个样本追踪 SNP确保准确识别样本

·        使用由 KAPA HyperPrep 或 KAPA HyperPlus Library Prep Kits 驱动的 HyperCap Workflow v3简化靶向测

 

 

性能数据

 

降低测序成本并节省时间

·       利用 KAPA HyperExome 紧凑的 ~43 Mb 设计优化测序吞吐量

·       与供应商 X 相比实现更好的覆盖率,尤其是更深层次的排序

与供应商 X Exome 相比,KAPA HyperExome 具有更高的目标读取百分比、更深的中值覆盖率和更广泛的目标覆盖率。 

降低测序成本并节省时间 

图 1.与供应商 X Exome 相比,KAPA HyperExome 具有更高的目标读取百分比、更深的中值覆盖率和更广泛的目标覆盖率

对于 KAPA HyperExome 和供应商 X 外显子组工作流程:对来自 16 个细胞系的 DNA 进行三次处理(每个工作流程总共 48 个文库);对输入 DNA 进行酶切;在捕获前将样本以 8 个为一组进行多路复用并杂交 16 小时;用 8 个 PCR 循环扩增最终的捕获后文库;并在 Illumina® NovaSeq™ 测序仪上对文库进行测序(2 x 100 bp)。对于 KAPA HyperExome 样本,使用 KAPA HyperPlus 试剂盒、KAPA 通用适配器和 KAPA UDI 引物混合物从 100 ng DNA 制备文库;在 8 个捕获前 PCR 循环后在 55ºC 下进行杂交和清洗。根据制造商的说明,从 50 ng 基因组 DNA 制备供应商 X 样本。为了进行分析,测序数据按外显子组面板大小按比例进行子采样,以实现相同的目标平均覆盖深度。

通过好的捕获均匀性很大程度地提高吞吐量

·       利用设计专业知识和使用广泛优化的面板来提高测序效率

·       即使在难以捕捉的区域也能实现最佳的整体平衡

KAPA HyperExome 实现高度均匀的覆盖 

图 2. KAPA HyperExome 实现高度均匀的覆盖——即使在 %GC 较高或较低的区域也是如此。 

在使用 KAPA HyperExome 探针捕获之前,使用 KAPA HyperPlus 试剂盒和 KAPA 通用适配器和 KAPA UDI 引物混合物从 100 ng DNA 中制备文库。文库 (8) 在捕获前进行多路复用,与探针杂交 16 小时,捕获后扩增,并在 Illumina NovaSeq 测序仪上测序 (2 x 100 bp)。条形图表示来自 16 个不同细胞系的数据,重复处理三次。面板 B 中的每个数据集都来自不同的细胞系。

可靠地丰富具有挑战性的、以前无法接近的外显子区域

·       提高重要基因组数据库(包括 ACMG59、CCDS 和 ClinVar)中关键研究基因的覆盖率

·       使用全面而紧凑的 KAPA HyperExome 面板发现更多变体

 

可靠地丰富具有挑战性的、以前无法接近的外显子区域 

图 3.与供应商 X Exome 相比,KAPA HyperExome 对重要基因组数据库的覆盖范围更广。 

对于 KAPA HyperExome 和供应商 X 外显子组工作流程:对来自 16 个细胞系的 DNA 进行三次处理(每个工作流程总共 48 个文库);对输入 DNA 进行酶切;在捕获前将样本以 8 个为一组进行多路复用并杂交 16 小时;用 8 个 PCR 循环扩增最终的捕获后文库;并在 Illumina® NovaSeq™ 测序仪上对文库进行测序(2 x 100 bp)。对于 KAPA HyperExome 样本,使用 KAPA HyperPlus 试剂盒、KAPA 通用适配器和 KAPA UDI 引物混合物从 100 ng DNA 制备文库;在 8 个捕获前 PCR 循环后在 55ºC 下进行杂交和清洗。根据制造商的说明,从 50 ng 基因组 DNA 制备供应商 X 样本。为了进行分析,测序数据按外显子组面板大小按比例进行子采样,以实现相同的目标平均覆盖深度。

确保样品识别准确

研究人员经常使用对照加样来跟踪整个 NGS 工作流程中的样本。但是,样本处理错误仍然会导致样本识别错误。HyperExome 针对 387 个选定的 SNP 位点,将其作为独立于样本处理的内在样本标识符,使研究人员能够:

·       消除与手动添加样品跟踪添加物相关的错误

·       提高 NGS 结果的可靠性,增强对样本身份的信心

·       减少昂贵的样品错误识别

 

北京和一生物科技有限公司专业代理antibodiesinc全系列产品,专营进口生物试剂,科学仪器,实验消耗品,化工原料及药物中间体等。公司与诸多国外品牌签下代理,sigmasantaRDAbcamCSTtoxinstreckBiolegendebiosciencesaracarepolyplusBeyotimeNovusmoltox等,能为广大科研用户提供数万种试剂、仪器和实验消耗品。

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